小儿流感病毒肺炎可能引发多种并发症，主要包括：
常见并发症
- 肺部并发症：肺水肿、胸腔积液、支气管肺炎、大叶性肺炎或肺脓肿
- 神经系统损害：中毒性脑病、脑水肿，偶发脑炎
- 心血管系统问题：心功能紊乱、心肌炎、心包炎，严重时可出现休克
- 其他系统损害：Reye综合征、肾脏病变（表现为血尿、蛋白尿）
- 继发细菌感染：多继发金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌及链球菌感染，病情可在热退后再次加重，出现高热、咳嗽加剧、呼吸困难、发绀等症状，肺部可闻及广泛湿啰音。
血常规检查可见白细胞和中性粒细胞显著升高，偶见DIC等严重并发症。