先天性心脏病的分类目前尚未完全统一，依据血液分流情况、是否存在异常通路及分流，临床上可分为以下三型：
主要分类如下：
- 无分流型（无青紫型）：心脏左右两侧或动静脉之间无异常通路与分流，不产生紫绀。例如：右位心、肺动脉瓣狭窄、主动脉瓣狭窄、主动脉缩窄、单纯性肺动脉扩张、原发性肺动脉高压等。
- 左向右分流型（潜伏青紫型）：存在心脏左右两侧血流循环路径之间的异常通道。由于早期体循环压力高于肺循环压力，血流通常从左向右分流而不出现青紫；但当哭闹、屏气或病理情况使肺动脉或右心室压力超过左心压力时，可能发生暂时性右向左分流而出现青紫。例如：房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭等。
- 右向左分流型（青紫型）：心脏左右两侧血液循环路径之间存在异常通道，使血流从右心腔向左分流，大量静脉血进入体循环，因此会出现持续性青紫。例如：法洛四联症、法洛三联症、大血管转位、主动脉干永存等。
此外，也可根据是否出现紫绀分为：
- 非紫绀型先心病：患儿通常无青紫表现，多在体检时发现心脏杂音而就诊，例如动脉导管未闭、房间隔或室间隔缺损、部分肺静脉畸形引流等。
- 紫绀型先心病：患儿出生后即刻或逐渐出现紫绀。